大きく異なります。水温適性（どんな水温が好きか）、海水への適応能力（塩水でも平気か）などが影響し、一般的には種類数は下流ほど多くなります。また、平野部にある湿地や田んぼの近くを好む魚も多いようです。

<国土交通省の「河川水辺の国勢調査」によれば、河口より上流５km以内では３０種類が確認され、スズキ、ボラ、マハゼ等の汽水性の魚類が混じります。一方、河口より８０～９０km上流にある名倉川や段戸川（山の中の渓流）で確認された魚種は１０種未満と、とても少なくなっています。

「海の魚が長い年月をかけて、川でもすめるようになった」
と、考えると、魚にとって川の上流が、厳しい条件だということが想像できるね。　
　川魚にとって、海がふるさと。アユや、ウナギや、サツキマスは海へ旅に出るんじゃなくて、川が旅の途中なんだよ、きっと。